自然人个人到税务部门代开发票，需要征收增值税及附加、个人所得税、印花税等税种。
1、增值税：自然人代开发票适用的增值税税率按照小规模纳税人的征收率3%征收（销售不动产为5%）。
起征点：自然人提供应税服务的销售额未达到增值税起征点的，免征增值税；达到起征点的，全额计算缴纳增值税。也就是自然人个人每次开票500元及以下，免征增值税；
适用10万免税政策：在2019年3月15日国家税务总局将以让减税降费实打实、硬碰硬地落地国家税务总局解读增值税小规模纳税人月销售额10万元以下免税政策为主题开展在线访谈活动中明确，自然人个人如果办理了税务登记或临时税务登记，月销售额未超过10万元（按季申报的小规模纳税人，为季销售额未超过30万元）的，都可以按规定享受增值税免税政策。未办理税务登记或临时税务登记的自然人个人，除特殊规定外，则执行《增值税暂行条例》及其实施细则关于按次纳税的起征点有关规定，每次销售额未达到500元的免征增值税，达到500元的则需要正常征税。所以，对于经常代开发票的自然人，建议主动办理税务登记或临时税务登记，以充分享受小规模纳税人月销售额10万元以下免税政策。
2、附加税：附加税包括城建税、教育费附加和地方教育费附加。如果开票时征收了增值税也要附征附加税，如果没有征收增值税，也就不附征。市级附加税综合税率为增值税额的12%，县级附加税综合税率为增值税额的10%。比如市里的自然人代开发票交了100元增值税，同时应附征100*12%=12元的附加税。
3、个人所得税：个人所得税的征收各地规定差别较大。
比如在新个税推出前的深圳、青岛：对个人在代开普通发票征收增值税时，由税务部门按纳税人开票金额的一定比例，核定征收个人所得税，这是最简便的操作。
比如有的地区在新个税前，区分开票项目，比如你开建筑安装，那么个人所得税按开票金额的一定比例核定征收，比如你开劳务费，那么就按照劳务报酬规定的办法，按20%-30%的税率征收个人所得税。
而新个税出台后，部分地区出台了新的规定。比如《国家税务总局黑龙江省税务局关于自然人申请代开发票个人所得税有关问题的公告》（国家税务总局黑龙江省税务局公告2019年第1号）规定：1、对自然人纳税人取得劳务报酬所得、稿酬所得和特许权使用费所得需要代开发票的，在代开发票环节不再征收个人所得税，由扣缴义务人依照规定预扣预缴（或代扣代缴）和办理全员全额扣缴申报。2、对未办理税务登记证件，临时从事生产、经营的自然人纳税人，在申请开具发票时，对其取得的经营所得，统一按开具发票金额（不含增值税）的1.3%核定征收个人所得税。应该说，黑龙江省的规定符合新个税的要求，又兼顾纳税人的实际，易于操作。
所以，个人开票适用个人所得税问题，应主动咨询当地税务部门。同时注意，纳入新个税综合收入的劳务报酬所得、稿酬所得和特许权使用费，无论税务部门是否征收，纳税人个人均应并入综合所得，与工资薪金合计计算应缴个人所得税，进行汇算清缴。
4、印花税。印花税的税率一般为千分之一、万分之三及万分之五，税负较低，就不详述。
